Trong hệ thống các bảo tàng, nếu trưng bày được coi là bộ mặt của bảo tàng, kho hiện vật gốc là xương sống thì công tác kiểm kê được ví như là bộ não của công tác kho. Công tác kiểm kê gắn liền với hàng loạt biểu mẫu, sổ sách, phiếu phích, biên bản, hồ sơ hiện vật …Công tác kiểm kê bảo quản là một hoạt động trọng yếu của Bảo tàng, là tiền đề, cơ sở cho mọi hoạt động xây dựng sưu tập, nghiên cứu, trưng bày và công tác tuyên truyền giáo dục. Công tác này có làm tốt thì mọi hoạt động khác của bảo tàng mới có cơ sở khoa học chính xác để triển khai.
Hệ thống kho của Bảo tàng Nam Định ngay từ khi bảo tàng được thành lập, với cơ sở vật chất, phương tiện hoạt động còn nhiều thiếu thốn; hệ thống trang thiết bị kho nghèo nàn, lạc hậu; nhân sự mỏng; trình độ chuyên môn còn nhiều hạn chế do cán bộ kho không có, chưa có quy chế hoạt động. Trong thời kỳ chiến tranh, đây là giai đoạn khó nhất đối toàn bộ hoạt động của bảo tàng nói chung và hoạt động kiểm kê bảo quản nói riêng. Ngoài việc gìn giữ cho kho hiện vật an toàn và thực hiện công tác kiểm kê, đánh giá, phân loại, đánh số và lập phích phiếu hiện vật, Bảo tàng còn phải thực hiện việc di chuyển hiện vật đến các nơi an toàn, tránh sự tàn phá, hủy diệt của chiến tranh.
Ngày 21 tháng 6 năm 1980 UBND tỉnh Hà Nam Ninh đã ra Quyết định số 617/QĐ- TC nâng cấp “Phòng Bảo tàng” lên thành “Bảo tàng Hà Nam Ninh” - đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Văn hóa Thông tin. Đây là một điểm mốc quan trọng đánh dấu sự phát triển của Bảo tàng tỉnh. Thời gian này phòng kho được thành lập, có cơ sở hạ tầng cũng như cán bộ kho hoạt động trải qua các địa điểm: Hồ Truyền Thống, Số 3 Hoàng Hoa Thám …Tuy nhiên do cán bộ chuyên môn ít cũng như kinh phí đầu tư cho các hoạt động của kho quá hạn chế, vì vậy công tác kiểm kê bảo quản chỉ hoạt động ở một mức độ nhất định, ít có sự đổi mới và kém hiệu quả. Nhưng dù ở hoàn cảnh nào, hoạt động kho luôn được quan tâm và chú trọng nhất trong toàn bộ hoạt động của bảo tàng. Điều đó thêm một lần nữa đã khẳng định những nỗ lực cống hiến hết mình của cán bộ, công nhân viên Bảo tàng trong thời gian qua.
Từ năm 2010 đến nay, kho hiện vật của Bảo tàng Nam Định chuyển ra trụ sở mới với diện tích khoảng 500m2, hệ thống kho nằm ở tầng 1 của tòa nhà bảo tàng. Kho hiện vật  được thiết kế với không gian thông thoáng, ánh sáng hợp lý, trang bị các trang thiết bị hiện đại như: máy điều hòa, máy hút ẩm và quạt thông gió. Kho được phân chia ra các  kho theo từng chất liệu, chủ đề, hình dáng, kích thước cho đến công tác tổ chức, sắp xếp hiện vật một cách khoa học, đã tạo được hiệu quả cao trong công tác quản lý và theo dõi mức độ hư hại, hạn chế được phần nào tác nhân gây ảnh hưởng xấu tới hiện vật. Bên cạnh đó, Kho hiện vật được đầu tư, trang bị mới các tủ, giá, kệ mới đồng bộ theo yêu cầu, tiêu chuẩn của một bảo tàng loại II. Điều đó rất thuận lợi cho công tác phân loại, sắp xếp để bảo quản và phát huy giá trị các tài liệu hiện vật.
Đặc biệt từ khi Bộ Văn hoá Thông tin đã có Quyết định số 70/2006/QĐ – BVHTT về việc ban hành: “Quy chế kiểm kê hiện vật Bảo tàng” kèm theo quy chế còn có Phiếu hiện vật Bảo tàng và Di tích. Việc ban hành Quy chế kiểm kê đã tạo cho các bảo tàng thuộc sở hữu Nhà nước có cơ sở thống nhất về hoạt động kiểm kê hiện vật. Trên cơ sở đó, Bảo tàng tổ chức thực hiện nghiêm túc và chặt chẽ, toàn bộ hoạt động kiểm kê bảo quản được đổi mới và đem lại những hiệu quả tích cực.

Cán bộ phòng Kho Bảo quản thực hiện việc bàn giao Kho hiện vật khối, năm 2017

Trong công tác kiểm kê hiện vật: Bảo tàng Nam Định đã tổ chức tiếp nhận, đăng ký sắp xếp và theo dõi tình trạng hiện vật một cách nghiêm túc, đảm bảo khoa học và logic dựa trên cơ sở những văn bản pháp lý quy định. Nhờ đó hoạt động kiểm kê hiện vật của Bảo tàng Nam Định tháo gỡ và khắc phục nhiều vấn đề do lịch sử để lại như việc hoàn thiện thống nhất sổ sách, biểu mẫu theo một quy chuẩn quy định trong hệ thống bảo tàng Việt Nam.
Việc nhập hiện vật được tiến hành theo đúng quy trình chặt chẽ và thống nhất giữa hai Phòng Nghiên cứu - Sưu tầm và Phòng Kho bảo quản; việc tiến hành viết phiếu hiện vật cũng được rà soát đảm bảo đầy đủ, chính xác những thông tin liên quan đến hiện vật trước khi nhập hiện vật vào kho cơ sở....Quy trình xuất nhập hiện vật cũng được thực hiện theo nguyên tắc của bảo tàng. 
Việc tổ chức lập và quản lý hồ sơ hiện vật cũng được thực hiện nghiêm túc. Mỗi một hiện vật trước khi về bảo tàng đều được ghi chép đầy đủ thông tin quy định trong văn bản và có xác nhận của chính quyền địa phương, đảm bảo tính khoa học và pháp lý, kèm theo tất cả những văn bản có liên quan đến hiện vật. Những văn bản này được lưu thành một bộ hồ sơ hiện vật. Có thể nói hồ sơ hiện vật có vị trí quan trọng, là một bộ phận cấu thành giá trị khoa học và giá trị pháp lý của hiện vật bảo tàng. Hiện vật gốc và hồ sơ khoa học pháp lý là hai bộ phận không thể tách rời nhau trong bảo tàng. Nó được tiến hành ngay trong quá trình sưu tầm, lựa chọn, tài liệu hóa, thu nhận hiện vật cho đến khi được chính thức thông qua Hội đồng thẩm định, duyệt nhập kho cơ sở của bảo tàng để bảo quản và phát huy giá trị.
Trong hoạt động kiểm kê, công tác xây dựng sưu tập hiện vật là một hoạt động nghiệp vụ quan trọng, mang tính khoa học nhằm mục đích bổ sung thông tin, kiện toàn cho kho cơ sở của bảo tàng. Đến nay, Bảo tàng Nam Định đã xây dựng được 17 sưu tập hiện vật quý hiếm và đặc trưng cho vùng đất giàu giá trị văn hóa truyền thống ở phía nam đồng bằng sông Hồng. Những sưu tập này sẽ là cơ sở để tạo ra những mảng trọng tâm trong công tác trưng bày và cũng là kết quả để đánh giá và nâng cao vị thế của bảo tàng Nam Định trong mạng lưới bảo tàng Việt Nam.
Cùng với việc xây dựng sưu tập hiện vật, công tác tổ chức thẩm định, bổ sung thông tin cho hiện vật cũng được tổ chức thực hiện một cách hiệu quả, tháo gỡ được nhiều vấn đề bỏ ngỏ do lịch sử để lại. Đến nay, Bảo tàng Nam Định đã phối hợp các chuyên gia của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Viện khảo cổ học về giám định niên đại bổ sung thông tin cho nhiều nhóm hiện vật, cụ thể:
+ Đã có 1.029 hiện vật trong kho được xác định bổ sung niên đại lịch sử; xử lý kho hiện vật tạm thời từ chỗ kho hiện vật chết, hiện vật thiếu thông tin trở thành kho tư liệu nghiên cứu khoa học, lựa chọn bổ sung nhiều hiện vật có giá trị chuyên sang  kho hiện vật bảo tàng;
+ Tổ chức gặp gỡ một số nhân chứng lịch sử trực tiếp tham gia các sự kiện trong cuộc kháng chiến chống Mỹ như:
* Bà Hà Thị Nhiên – nữ dân quân du kích kéo xác máy bay đến Bảo tàng Nam Định nói chuyện về ngày ấy và bây giờ trở lại với cuộc sống đời thường với vai trò của một người vợ, người mẹ và người bà.
* Ông Nguyễn Xuân Bê – nguyên Trưởng ban tác chiến Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh Nam Hà: bổ sung thông tin hiện vật về thời kỳ cách mạng kháng chiến; một số chức năng sử dụng về các loại vũ khí, khí tài trong thời kỳ  kháng chiến.  Ngoài ra còn cung cấp một số thông tin tư liệu tổng hợp bản đồ: “Hệ thống và thế trận phòng không của tỉnh, Thành phố Nam Định trong chống chiến tranh phá hoại của Đế quốc Mỹ”.
* Trung úy Willam AnGus – cựu phi công Mỹ, một trong hai phi hành đoàn lái chiếc máy bay A6, ký hiệu 522 đã cung cấp thêm một số thông tin, hình ảnh về phi hành đoàn và chiếc máy bay A6 bị bắn rơi vào lúc 10 giờ 40 phút ngày 11 tháng 6 năm 1972 tại hồ Thượng Lỗi, phường Lộc Vượng, TP. Nam Định. Đặc biệt, khi đến tham quan Bảo tàng Nam Định, ông bồi hồi xúc động khi được Giám đốc Bảo tàng giới thiệu những hình ảnh và hiện vật liên quan đến chiếc máy bay.
Công tác tư liệu hóa tài liệu hiện vật, xây dựng hệ thống tra cứu thông tin  cũng được tiến hành từng bước. Đến nay toàn bộ thông tin về tài liệu hiện vật khối đã được cập nhật vào phần mềm quản lý thông tin hiện vật do Cục Di sản Văn hóa cung cấp. Đồng thời tiến hành cập nhật toàn bộ nội dung thông tin hiện vật từ sổ đăng ký vào phần mềm vi tính; phân loại từng nhóm hiện vật có dấu hiệu chung, hình thành các sưu tập hiện vật hoặc các chuyên đề đặc trưng; xây dựng sổ phân loại hiện vật cho các kho hiện vật; nghiên cứu lập danh mục những hiện vật còn thiếu, đề xuất sưu tầm bổ sung hiện vật cho sưu tập và các chuyên đề.
Cùng với công tác kiểm kê khoa học, công tác bảo quản hiện vật giữ một vai trò quan trọng nhằm mục đích ngăn ngừa những tác động từ môi trường làm ảnh hưởng đến tình trạng hiện vật, đồng thời kéo dài tuổi thọ cho hiện vật, phục vụ công tác nghiên cứu và phát huy giá trị tài liệu hiện vật. Những năm gần đây, được sự quan tâm của Giám đốc, Kho cơ sở của Bảo tàng Nam Định được đầu tư, trang bị khá hoàn thiện với hệ thống giá kệ, tủ bảo quản hiện vật đồng bộ, thuận lợi cho việc sắp xếp, phân loại hiện vật. Phòng kỹ thuật bảo quản được đầu tư xây dựng cùng với các trang thiết bị kỹ thuật để phục vụ cho công tác bảo quản hiện vật (chủ yếu là bảo quản phòng ngừa) như: bàn ghế, bộ dụng cụ bảo quản hiện vật, hóa chất bảo quản phòng ngừa, phòng, tủ xông thuốc khử côn trùng nấm mốc. Cùng với các trang thiết bị hiện đại, công tác phân loại sắp xếp tài liệu hiện vật và tổ chức kho luôn gọn gàng, thông thoáng, đảm bảo khoa học, thuận lợi cho công tác nghiên cứu và phát huy giá trị. Bên cạnh các loại giá kệ, tủ để bảo quản sắp xếp hiện vật, Kho cơ sở của bảo tàng luôn được quan tâm, được trang bị hoàn thiện máy móc hiện đại như: hệ thống như máy điều hòa cây, máy hút ẩm, hút bụi, quạt thống gió, quạt công nghiệp, máy đo độ ẩm trong kho.... Điều đó giúp cho môi trường của kho luôn được thông thoáng, tránh ẩm mốc tác động làm ảnh hưởng đến tình trạng hiện vật. Ngoài ra, công tác mở cửa, vệ sinh, kiểm tra côn trùng, nấm mốc được kho tiến hành thường xuyên, hàng ngày trong tuần đảm bảo môi trường kho luôn sạch sẽ, khô ráo và không có nấm mốc.
Công tác bảo quản hiện vật được quan tâm chú trọng. Kho cơ sở thường xuyên lập kế hoạch bảo quản phòng ngừa hiện vật theo kế hoạch xây dựng hàng tháng và định kỳ bảo quản hiện vật trên hệ thống trưng bày. Trên cơ sở nghiên cứu tình trạng hiện vật, ưu tiên cho những nhóm hiện vật nhạy cảm với thời tiết, dễ bị ố mốc; hay nhóm hiện vật gỗ dễ bị mối mọt, nhóm hiện vật kim loại chóng rỉ....Nhờ đó giảm thiểu tối đa những nguy cơ làm ảnh hưởng đến hiện vật, phòng chống các tác nhân gây hại, cố gắng gìn giữ tính nguyên gốc cũng như khả năng bảo quản lâu  dài cho hiện vật. 
Công tác bảo quản trị liệu hiện vật đã được Bảo tàng Nam Định đặc biệt chú trọng và dành nhiều sự ưu tiên trong kế hoạch bảo quản định kỳ. Bảo tàng đã mời các chuyên gia của Cục Di sản Văn hóa cùng với nghệ nhân dân gian phối kết hợp bảo quản thành công nhiều nhóm hiện vật xuống cấp, trả lại hình dáng ban đầu, đồng thời kéo dài tuổi thọ cũng như khả năng bảo quản lâu dài cho hiện vật. Cụ thể: 

Cán bộ Bảo tàng Lịch sử Quốc gia và Bảo tàng tỉnh bảo quản nhóm hiện vật chất liệu gỗ do Đại sứ quán Hoa Kỳ tài trợ, năm 2008

+ Bảo quản Sưu tập đồ thờ bằng gỗ TK XVII – XIX gồm 57 hiện vật, trong đó có 05 tranh Thập điện Diêm Vương được vẽ bằng chất liệu thảo mộc, khoáng chất trên nền gỗ. Số còn lại 52 hiện vật là những mảng chạm trang trí kiến trúc và các đồ thờ như:  tượng nghê, sấu, cây đèn, quán tẩy… Đây là Dự án do Đại sứ quán Hoa Kỳ tại Việt Nam tài trợ nhằm bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa tại Nam Định.
+ Bảo quản Bộ cánh cửa chùa Phổ Minh để phục vụ công tác trưng bày. Đây là hai hiện vật có giá trị vô cùng quý hiếm không chỉ ở giá trị lịch sử mà còn có giá trị nghệ thuật cao. Mỗi một hiện vật là một tác phẩm chạm khắc đề tài rồng, hoa lá, sóng nước, thể hiện đặc trưng phong cách nghệ thuật thời Trần.
Bên cạnh đó, cán bộ phòng kho bảo quản đã xử lý, bảo quản thành công nhiều nhóm hiện vật giấy như: sắc phong, bằng khen, giấy khen, bản đồ .... Những hiện vật trên được xử lý theo đúng quy trình bảo quản và được kiểm tra định kỳ hàng tháng. Ngoài ra, Bảo tàng Nam Định đã giúp đỡ các địa phương tiến hành bảo quản nhóm hiện vật sắc phong, thần phả của một số từ đường dòng họ trên địa bàn Nam Định.
Công tác tư liệu hóa và xây dựng hồ sơ bảo quản được tiến hành đồng thời với công tác bảo quản, phục dựng hiện vật. Mỗi một hiện vật khi đem ra bảo quản, phục dựng, đều tuân thủ đúng nguyên tắc và quy trình bảo quản chặt chẽ, đảm bảo tính khoa học. Đến nay, đã phục dựng được trên 200 hiện vật, phục vụ cho công tác nghiên cứu, trưng bày.
Như vậy, công tác kho kiểm kê bảo quản của Bảo tàng tỉnh Nam Định trong những năm gần đây luôn được quan tâm, đầu tư cơ sở vật chất, trang thiết bị; hệ thống biểu mẫu và sổ sách được hoàn thiện theo Quy chế kiểm kê của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, góp phần trong việc lưu giữ, bảo quản và phát huy giá trị tài liệu hiện vật tại Bảo tàng.